审计项目的确定。通过上述资料的收集、整理与分析，拟定审计项目，审计覆盖率和重点，详见《审计项目确认工作底稿》。
编制审计计划。根据所确定的审计项目，编制详细的审计程序，完成《审计程序表》;合理调配、组织人员，明确分工，做好时间预算。
顺查法是指按照会计核算程序，从审查原始凭证开始，顺次审查账簿，核对报表，后审查纳税情况的审查方法。适用于审查经济业务量较少的纳税人、扣缴义务人。
逆查法是以会计核算的相反顺序，从分析审查会计报表开始，对于有疑点的地方再进一步审查账簿和凭证。适用于税务师对纳税人、扣缴义务人的税务状况较为了解的情况。
根据审查的内容、范围不同，纳税审查的方法可分为详查法和抽查法。
1. 详查法是对纳税人、扣缴义务人在审查期内的所有会计凭证、账簿、报表进行、系统、详细的审查的一种方法。
适用于审查经济业务量较少的纳税人与扣缴义务人。
2. 抽查法是对纳税人、扣缴义务人的会计凭证、账簿、报表有选择性地抽取一部分进行审查。
适用于对经济业务量较大的纳税人与扣缴义务人的审查。
纳税审计与纳税检查一样都是以有关的税收法规、制度等为依据，对纳税人履行纳税义务的情况进行审查。但二者相比较，纳税审计具有的特点主要表现在审计对象和审计主体上。从审计对象来看，纳税的对象包括纳税人纳税行为的审计，也包括征税行为的审计。纳税检查仅包括纳税行为检查。从审计主体来看，纳税审计的主体是独立的，公正的第三者。纳税检查的主体主要是税务机关，此外还包括纳税人内部的纳税检查。